Rundt kartet av Los Santos er det et tog. Det stopper på et par stasjoner, men vanligvis når du ser det så er det på farten. Det er veldig vanskelig å komme seg på toget når det er i fart, men ingenting er umulig.
En ting du kan gjøre er å kjøre på en motorsykkel ved siden av toget for å så finne et stort hopp ett eller annet sted. Hvis spilleren kan taime hoppet på en god måte, så kan han lande på togtaket og kjøre hele veien fram til selve lokomotivet. Der finner du førervognen som du kan gå inn i. Når du først har gått inn så har du full kontroll over toget og kan stoppe det hvor du vil.
Det finnes et oppdrag i kampanje-modusen der toget blir brukt til å frakte gull fra et stort ran. Dette er et av de mest omtalte oppdragene i spillet, siden det virkelig involverte en hel del adrenalin for de spillerne som fullfører det.